Uma nova abordagem informática que permite identificar alterações moleculares associadas ao prognóstico e à resistência à terapia de diferentes tipos de cancro foi desenvolvida no grupo de investigação liderado por Nuno Barbosa Morais, no Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes (iMM; Portugal), e publicada agora (online advance) em acesso aberto, na revista científica Nucleic Acids Research*.
As células cancerígenas são caracterizadas por perturbações na regulação dos genes e, em particular, por alterações de splicing alternativo, processo pelo qual o mesmo gene pode originar proteínas distintas. Algumas dessas alterações estão associadas a diferentes características malignas do cancro e à sua capacidade de resistir aos tratamentos mas variam de tumor para tumor. “Cada doente tem um cancro diferente, pelo que cientistas e médicos necessitam informação molecular sobre muitos indivíduos para, apoiados nos dados, compreenderem os mecanismos de doença, avaliarem prognóstico e fazerem previsões sobre o melhor tratamento para cada doente com base no perfil molecular do seu tumor”, explica Nuno Barbosa Morais.
“Criámos um programa que, analisando grandes bases de dados com informação clínica e de splicing para milhares de tumores, detecta padrões de semelhança entre diferentes casos e permite, por exemplo, identificar a relação entre cada alteração molecular e a sobrevivência dos doentes, para mais de trinta tipos de cancro. Na prática, o programa permite converter rapidamente muitos dados à escala genómica em informação biológica com potencial clínico”, explica Nuno Saraiva Agostinho, primeiro autor do artigo e estudante do programa de doutoramento CAML (Centro Académico de Medicina de Lisboa, da Faculdade de Medicina da Universidade Lisboa).
“Graças a esta abordagem, já identificámos um possível mecanismo de resistência à quimioterapia em cancro colo-retal que estamos agora a investigar, numa colaboração internacional que lideramos. Identificámos também um novo marcador de prognóstico em cancro da mama que vamos agora estudar em parceria com outros colegas no iMM”, salienta Nuno Barbosa Morais.
Este trabalho foi financiado pela Organização Europeia de Biologia Molecular (EMBO) e pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT).
*Saraiva-Agostinho, N, Barbosa-Morais, N.L. (2018) psichomics: graphical application for alternative splicing quantification and analysis. Nucleic Acids Research. gky888, https://doi.org/10.1093/nar/gky888