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Transcritómica de Doença

Aplicamos abordagens mormente computacionais, particularmente as que envolvem a análise de dados de genómica e transcritómica, a questões fundamentais em investigação biomédica.

Temos um interesse de longa data nos mecanismos transcricionais, frequentemente perturbados em doença, associados à especificidade funcional das células em mamíferos. Procuramos perceber como alterações ao nível do RNA (transcrição, splicing, etc) em tecidos humanos aumentam a propensão para doenças, nomeadamente cancro, doenças neurodegenerativas e outras patologias relacionadas com o envelhecimento. Pretendemos assim identificar alvos moleculares para exploração funcional in vitro e in vivo.

Também combinamos informação molecular e clínica na revelação de novos factores prognósticos e alvos terapêuticos.Complementarmente, desenvolvemos ferramentas para apoiar investigadores não computacionais nas suas análises de dados de transcritómica.

Equipa de Investigação

Joel Indi
PhD Student
joel.indi@medicina.ulisboa.pt

Mariana Ascensão Ferreira
PhD Student
marianaascferreira@medicina.ulisboa.pt

Marta Bica
Lab Technician
ana.bica@medicina.ulisboa.pt

Nuno Agostinho
PhD Student
nunoagostinho@medicina.ulisboa.pt

José Ferrão
MSc Student
jose.ferrao@medicina.ulisboa.pt

Miguel Casanova
MSc Student
mcasanova@medicina.ulisboa.pt

Áreas de Investigação

(Des)regulação de RNA em contextos de doença:

  • Transcrição alternativa de CELF2 na progressão e na terapêutica de cancro colorrectal
  • Splicing alternativo durante a senescência celular oncogenicamente induzida
  • O papel de células mielóides infiltrantes em cancro da mama ao nível da célula individual
  • O papel das anomalias centrossomais em cancro
  • Identificação de fenótipos moleculares alvejáveis sistémicos e específicos de tipos celulares nos cérebros de Alzheimer e Parkinson
  • Dinâmica de transposões durante o neurodesenvolvimento e em doenças deste foro

Ferramentas bioinformáticas para a análise de dados de RNA-seq:

  • Aplicações gráficas para a análise e quantificação de splicing alternativo
  • Análise de splicing diferencial baseada em distribuições beta
  • Identificação de perturbações causais candidatas a partir de dados de expressão génica diferencial
  • Exploração gráfica da alterações de expressão génica em tecidos humanos associadas à idade

Projetos de Investigação em Curso

2020/2026 "Unveiling tissue-specific transcriptional signatures of human ageing for therapeutic targeting", Estímulo ao Emprego Científico Individual FCT

2015/2021 "Transcriptomic landscapes of cancer: studying the transcriptional etiology of metastization and its implications on personalized therapeutics", Bolsa de Instalação da EMBO

Prémios

  • Estímulo ao Emprego Científico Individual FCT – Investigador Auxiliar (2020-2026)
  • 1º prémio, melhor poster júnior, conferência da Associação Internacional de Senescência Celular 2019 (Atenas, Grécia) [Mariana Ferreira]
  • Prémio de Instalação da EMBO (Organização Europeia de Biologia Molecular) (2015-21)
  • Competição "Innovate" Investigação Translacional, Fundação AstraZeneca (2017) [Mariana Ferreira]
  • Investigador FCT (2015-2019)
  • Marie Curie International Outgoing Fellowship (2011-2014)
  • Bolsa de pós-doutoramento dos Canadian Institutes for Health Research (CIHR) (2010-2012)

Publicações Selecionadas

  • Saraiva-Agostinho N, Barbosa-Morais NL. "Interactive Alternative Splicing Analysis of Human Stem Cells Using psichomics." Methods in Molecular Biology, 2020;2117:179-205.
  • Godinho-Silva C, Domingues RG, Rendas M, Raposo B, Ribeiro H, da Silva JA, Vieira A, Costa RM, Barbosa-Morais NL, Carvalho T, Veiga-Fernandes H. "Light-entrained and brain-tuned circadian circuits regulate ILC3s and gut homeostasis." Nature, 2019 Oct;574(7777):254-258.
  • Munkley J, Li L, Krishnan SRG, Hysenaj G, Scott E, Dalgliesh C, Oo HZ, Maia TM, Cheung K, Ehrmann I, Livermore KE, Zielinska H, Thompson O, Knight B, McCullagh P, McGrath J, Crundwell M, Harries LW, Daugaard M, Cockell S, Barbosa-Morais NL+, Oltean S +, Elliott DJ +. "Androgen-regulated transcription of ESRP2 drives alternative splicing patterns in prostate cancer." eLife, 2019 Sep 3;8:e47678. (+ corresponding author)
  • de Almeida BP, Vieira AF, Paredes J, Bettencourt-Dias M, Barbosa-Morais NL. "Pan-cancer association of a centrosome amplification gene expression signature with genomic alterations and clinical outcome." PLoS Computational Biology, 2019 Mar 11;15(3):e1006832.
  • Saraiva-Agostinho N, Barbosa-Morais NL. "psichomics: graphical application for alternative splicing quantification and analysis." Nucleic Acids Research, 2019 Jan 25;47(2):e7.
  • Gallego-Paez LM, Bordone MC, Leote AC, Saraiva-Agostinho N, Ascensão-Ferreira M, Barbosa-Morais NL. "Alternative splicing: the pledge, the turn, and the prestige : The key role of alternative splicing in human biological systems". Human Genetics, 2017 Sep;136(9):1015-1042. Review.
  • Braunschweig U, Barbosa-Morais NL, Pan Q, Nachman EN, Alipahani B, Gonatopoulos-Pournatzis T, Frey B, Irimia M, Blencowe BJ. "Widespread intron retention in mammals functionally tunes transcriptomes". Genome Research, 2014 Nov;24(11):1774-86.
  • Barbosa-Morais NL, Irimia M, Pan Q, Xiong HY, Gueroussov S, Lee LJ, Slobodeniuc V, Kutter C, Watt S, Colak R, Kim T, Misquitta-Ali CM, Wilson MD, Kim PM, Odom DT, Frey BJ, Blencowe BJ. "The evolutionary landscape of alternative splicing in vertebrate species". Science, 2012 Dec 21;338(6114):1587-93.
  • Barbosa-Morais NL+, Dunning MJ, Samarajiwa SA, Darot JFJ, Ritchie ME, Lynch AG, Tavaré S. "A re-annotation pipeline for Illumina BeadArrays: improving the interpretation of gene expression data". Nucleic Acids Research, 2010 Jan 1;38(3):e17. (+ corresponding author)
  • Wilson MD*, Barbosa-Morais NL*, Schmidt D, Conboy CM, Vanes L, Tybulewicz VLJ, Fisher EMC, Tavaré S, Odom DT. "Species-specific transcription in mice carrying human chromosome 21". Science, 2008 Oct 17;322(5900):434-8. (* equal contributions)
  • Barbosa-Morais NL, Carmo-Fonseca M, Aparicio S. "Systematic genome-wide annotation of spliceosomal proteins reveals differential gene family expansion", Genome Research, 2006 Jan, 16(1):66-77.
group leader :
Nuno Barbosa Morais