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Transcritómica de Doença

Estamos interessados nos mecanismos transcricionais, frequentemente perturbados em doença, associados à especificidade funcional das células em mamíferos. Em particular, estudamos os mecanismos responsáveis pela associação entre anomalias de splicing e patologias como o cancro ou doenças neurodegenerativas. Utilizamos abordagens de biologia computacional na análise de dados de sequenciação de próxima geração para a definição de assinaturas transcritómicas específicas de doença, procurando perceber como a regulação de splicing alternativo está afectada em diferentes patologias e assim identificar alvos moleculares para exploração funcional in vitro e in vivo.

Também combinamos informação molecular e clínica na revelação de novos factores prognósticos e alvos terapêuticos.

Equipa de Investigação

Nuno Barbosa Morais
Group Leader
nmorais@medicina.ulisboa.pt

Marie Bordone
PhD Student
marie.bordone@medicina.ulisboa.pt

Mariana Ascensão Ferreira
PhD Student
marianaascferreira@medicina.ulisboa.pt

Nuno Agostinho
PhD Student
nunoagostinho@medicina.ulisboa.pt

Marta Bica
Lab Technician
ana.bica@medicina.ulisboa.pt

Joel Indi
PhD Student
joel.indi@medicina.ulisboa.pt

Arthur Schneider
MSc Student
arthur.schneider@medicina.ulisboa.pt

Ana Sofia Borges
Trainee
ana.borges@medicina.ulisboa.pt

Áreas de Investigação

  • Cancro
  • Doenças neuro-degenerativas
  • Evolução e regulação de splicing alternativo
  • Transcritómica
  • Bioinformática

Projetos de Investigação em Curso

2015/2017(9) "Transcriptomic landscapes of cancer: studying the transcriptional etiology of metastization and its implications on personalized therapeutics", Bolsa de Instalação da EMBO

2015/2019 "RNA regulation in cancer: defining the transcriptional etiology of metastasis and its implications on personalized therapeutics", Bolsa de Iniciação Investigador FCT

2017/2018 "Alternative splicing during neuronal development", Bolsa de Inovação Fundação AstraZeneca - Investigação Translacional

2016/2017 "RNA regulation in colorectal cancer: transcriptomic landscapes of metastasis and their clinical implications", Projecto Exploratório, Fundo dos Directores do iMM

2011/2014 "Survey of tissue-specific alternative splicing in vertebrates by high-throughput sequencing: finding the elements of an evolutionary splicing predictor", Bolsa Marie Curie International Outgoing

Prémios

  • Competição "Innovate" Investigação Translacional, Fundação AstraZeneca (2017-) [Mariana Ferreira]
  • Prémio de Instalação da EMBO (Organização Europeia de Biologia Molecular) (2015-)
  • Investigador FCT (2015-)
  • Marie Curie International Outgoing Fellowship (2011-2014)
  • Bolsa de pós-doutoramento dos Canadian Institutes for Health Research (CIHR) (2010-2012)

Publicações Selecionadas

  • Gallego-Paez LM, Bordone MC, Leote AC, Saraiva-Agostinho N, Ascensão-Ferreira M, Barbosa-Morais NL. "Alternative splicing: the pledge, the turn, and the prestige : The key role of alternative splicing in human biological systems". Hum Genet, 2017 Apr 3. doi: 10.1007/s00439-017-1790-y. Review.
  • Rijo-Ferreira F, Pinto-Neves D, Barbosa-Morais NL, Takahashi JS, Figueiredo LM. "Trypanosoma brucei metabolism is under circadian control". Nat Microbiol, 2017 Mar 13;2:17032.
  • Liu Y, Noon AP, Cabeza EA, Shen J, Kuk C, Ilczynski C, Ni R, Sukhu B, Chan K, Barbosa-Morais NL, Hermanns T, Blencowe BJ, Azad A, van der Kwast TH, Catto JWF, Zlotta AR, Wrana JL. "Next generation RNA sequencing of archival formalin fixed paraffin embedded urothelial bladder cancer". European Urology, 2014 Dec;66(6):982-6.
  • Braunschweig U, Barbosa-Morais NL, Pan Q, Nachman EN, Alipahani B, Gonatopoulos-Pournatzis T, Frey B, Irimia M, Blencowe BJ. "Widespread intron retention in mammals functionally tunes transcriptomes". Genome Res, 2014 Nov;24(11):1774-86.
  • Pena AC, Pimentel MR, Manso H, Vaz-Drago R, Neves D, Aresta-Branco F, Ferreira FR, Guegan F, Coelho LP, Carmo-Fonseca M, Barbosa-Morais NL, Figueiredo LM. "Trypanosoma brucei histone H1 inhibits RNA polymerase I transcription and is important for parasite fitness in vivo". Mol Microbiol, 2014 Aug;93(4):645-63.
  • Han H, Irimia M, Ross PJ, Sung HK, Alipanahi B, David L, Golipour A, Gabut M, Michael IP, Nachman EN, Wang E, Trcka D, Thompson T, O'Hanlon D, Slobodeniuc V, Barbosa-Morais NL, Burge CB, Moffat J, Frey BJ, Nagy A, Ellis J, Wrana JL, Blencowe BJ. "MBNL proteins repress ES-cell-specific alternative splicing and reprogramming". Nature, 2013 Jun 13;498(7453):241-5.
  • Barbosa-Morais NL, Irimia M, Pan Q, Xiong HY, Gueroussov S, Lee LJ, Slobodeniuc V, Kutter C, Watt S, Colak R, Kim T, Misquitta-Ali CM, Wilson MD, Kim PM, Odom DT, Frey BJ, Blencowe BJ. "The evolutionary landscape of alternative splicing in vertebrate species". Science, 2012 Dec 21;338(6114):1587-93.
  • Barbosa-Morais NL+, Dunning MJ, Samarajiwa SA, Darot JFJ, Ritchie ME, Lynch AG, Tavaré S. "A re-annotation pipeline for Illumina BeadArrays: improving the interpretation of gene expression data". Nucleic Acids Research, 2010 Jan 1;38(3):e17. (+ corresponding author)
  • Wilson MD*, Barbosa-Morais NL*, Schmidt D, Conboy CM, Vanes L, Tybulewicz VLJ, Fisher EMC, Tavaré S, Odom DT. "Species-specific transcription in mice carrying human chromosome 21". Science, 2008 Oct 17;322(5900):434-8. (* equal contributions)
  • Barbosa-Morais NL, Carmo-Fonseca M, Aparicio S. "Systematic genome-wide annotation of spliceosomal proteins reveals differential gene family expansion", Genome Res, 2006 Jan, 16(1):66-77.

group leader :
Nuno Barbosa Morais