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Microbiologia Molecular e Infeção

Apesar do sucesso dos antibióticos e da vacinação, as infecções bacterianas ainda são uma das principais causas de morbidade e mortalidade em todo o mundo. As alterações demográficas estão a focar a atenção nos adultos mais velhos, onde as pressões selectivas podem ser radicalmente diferentes das encontradas em crianças. Vários estudos mostraram que as populações bacterianas são dominadas por apenas alguns clones. A plasticidade dos genomas bacterianos significa que diferentes estirpes podem conter um conjunto distinto de genes que conferem resistência aos antibióticos e de virulência.

No entanto, a relação entre ter um determinado complemento genético e o facto de esta estirpe se tornar um clone bem sucedido permanece em aberto. O nosso laboratório documentou a estrutura da população bacteriana de vários agentes patogénicos do género Streptococcus tendo encontrado diferenças entre as bactérias que colonizam assintomaticamente e as que causam infecções distintas ou nos vários grupos etários. Além disso, identificaram-se genes que estão distribuídos de forma desigual na população bacteriana, potencialmente explicando a propensão de certos clones para hospedeiros ou infecções particulares. Também se estuda o fluxo de informações genéticas entre bactérias e os factores que melhoram ou limitam essas trocas e o papel que os elementos genéticos móveis têm na diversidade bacteriana. Actualmente, explora-se as diferenças entre as populações bacterianas no nível do genoma.

Desenvolvemos novas abordagens para lidar com dados de sequência de alto débito (“high throughput sequencing” - HTS) criando ferramentas para armazenar e extrair esses dados numa plataforma unificada, integrando informações de bases de dados existentes. Esta actividade reflecte-se no desenvolvimento de novas ferramentas bioinformáticas particularmente dirigidas a dados de HTS. Esperamos obter uma visão detalhada das diferenças genéticas entre clones bacterianos e identificar genes candidatos para explicar a diferente abundância destes clones. Estudam-se espécies de estreptococos que causam infecções em seres humanos e animais para identificar eventos-chave que permitam a adaptação a diferentes espécies hospedeiras e para avaliar o potencial de aquisição zoonótica. Compreender a dinâmica e as respostas de uma população bacteriana às múltiplas pressões selectivas que lhe são impostas e os principais eventos genéticos que permitem a diferenciação de clones específicos, permitirão prever melhor a evolução das bactérias patogénicas para o Homem.

Procuramos também obter informação epidemiológica que nos permita antecipar os benefícios potenciais da vacinação ou orientar a terapia empírica para infecções de possível etiologia estreptocócica.

Equipa de Investigação

Ana Carolina Castro
MSc Student
anacarolinac@medicina.ulisboa.pt.

Ana Friães
Senior Postdoctoral Researcher
afriaes@medicina.ulisboa.pt

Ana Rita Freire da Silva
MSc Student
anarfsilva@medicina.ulisboa.pt

Andreia Isabel Pais Santos
MSc Student
andreiaisantos@medicina.ulisboa.pt

Beatriz Esteves
MSc Student
beatrizesteves@medicina.ulisboa.pt

Beatriz Santos
MSc Student
beatriz.santos@medicina.ulisboa.pt

Bruno Capistrano
MSc Student
bcapistrano@medicina.ulisboa.pt

Bruno Gonçalves
PhD Student
bfgoncalves@medicina.ulisboa.pt

Catarina Costa
Postdoctoral Researcher
anacosta@medicina.ulisboa.pt

Elisabete Martins
Senior Postdoctoral Researcher
emartins@medicina.ulisboa.pt

Francisca Melo
Trainee
francisca.melo@medicina.ulisboa.pt

Inês Mendes
PhD Student
cimendes@medicina.ulisboa.pt

Inês Teodoro
MSc Student
ines.teodoro@medicina.ulisboa.pt

Joana Catarina Ferreira da Silva
MSc Student
joanacfsilva@medicina.ulisboa.pt

Joana Ferreira Costa
MSc Student
joanaferreiradacosta@medicina.ulisboa.pt

Joana Silva
Lab Technician
jfsilva@medicina.ulisboa.pt

José Melo Cristino
Clinical Staff Scientist
melo_cristino@medicina.ulisboa.pt

Lúcia Ferreira
Administrative Technician
luciaf@medicina.ulisboa.pt

Marcos Pinho
Postdoctoral Researcher
mdpinho@medicina.ulisboa.pt

Maria Firmino
MSc Student
mfirmino@medicina.ulisboa.pt

Milani Rodrigues
MSc Student
milani.rodrigues@medicina.ulisboa.pt

Pedro Cerqueira
Lab Technician
pedro.cerqueira@medicina.ulisboa.pt

Rafael Fresca Mamede
Lab Technician
rmamede@medicina.ulisboa.pt

Rui Pedrosa
MSc Student
rui.pedrosa@medicina.ulisboa.pt

Sara Mahomed
MSc Student
smahomed@medicina.ulisboa.pt

Thomas Hanscheid
Clinical Staff Scientist
t.hanscheid@medicina.ulisboa.pt

Tiago Ferreira
Trainee
tiago.ferreira@medicina.ulisboa.pt

Áreas de Investigação

  • Biologia populacional e genómica
  • Bioinformática
  • Detecção de resistência aos anti-maláricos
  • Epidemiologia Molecular
  • Novas técnicas de diagnóstico
  • Resistência aos antimicrobianos
  • Vacinas

Projetos de Investigação em Curso

2018/2021 NGPHYLO – Tools for large scale phylogenetic analysis Fundação para a Ciência e a Tecnologia (PTDC/CCI-BIO/29676/2017)

2017/2020 ONEIDA - An OMICS Network to Prevent and Control Infectious Diseases and Antimicrobial Resistance co-funded by FEEI - “Fundos Europeus Estruturais e de Investimento” from “Programa Operacional Regional Lisboa 2020“ and by national funds from FCT - “Fundação para a Ciência e a Tecnologia” (LISBOA-01-0145-FEDER-016417)

2016/2019 BacGenTrack – An integrated system for Bacterial Genome Tracking using high throughput sequencing technology: from identification to visualization Fundação para a Ciência e a Tecnologia (TUBITAK/0004/2014)

2016/2019 The changing pneumococci: adapting to vaccination and transitioning between colonization and disease. Fundação para a Ciência e a Tecnologia (PTDC/DTP-EPI/1555/2014)

Publicações Selecionadas

  • Pinho MD, Foster G, Pomba C, Machado MP, Baily JL, Kuiken T, Melo-Cristino J, Ramirez M, Portuguese Group for the Study of Streptococcal Infections. 2019. Streptococcus canis are a single population infecting multiple animal hosts despite the diversity of the universally present M-like protein SCM. Front Microbiol 10:631.
  • Silva-Costa C, Brito MJ, Aguiar SI, Lopes JP, Ramirez M, Melo-Cristino J, Portuguese Group for the Study of Streptococcal Infections, Portuguese Study Group of Invasive Pneumococcal Disease of the Pediatric Infectious Disease Society. 2019. Dominance of vaccine serotypes in pediatric invasive pneumococcal infections in Portugal (2012-2015). Sci Rep 9:6.
  • Echániz-Aviles G, Guerreiro SI, Silva-Costa C, Mendes CI, Carriço JA, Carnalla-Barajas MN, Soto-Noguerón A, Velazquez-Meza ME, Melo-Cristino J, Luévanos-Velazquez A, Martínez-Medina L, Vázquez-Larios MDR, Ramirez M. 2019. Streptococcus pneumoniae serotype 3 in Mexico (1994-2017): decrease of the unusual CC4909 lineage post-PCV13 introduction. J Clin Microbiol. 57 e01354-18.
  • Jesus TF, Ribeiro-Gonçalves B, Silva DN, Bortolaia V, Ramirez M, Carriço JA. 2019. Plasmid ATLAS: plasmid visual analytics and identification in high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Res 47:D188–D19.
  • Pato C, Melo-Cristino J, Ramirez M, Friães A, Portuguese Group for the Study of Streptococcal Infections. 2018. Streptococcus pyogenes causing skin and soft tissue infections are enriched in the recently emerged emm89 clade 3 and are not associated with abrogation of CovRS. Front Microbiol 9:2372.
  • Branco A, Francisco D, Hänscheid T. 2018. Is there a “normal” oxygen concentration for in vitro Plasmodium cultures? Trends Parasitol 34:811–812.
  • Silva-Costa C, Brito MJ, Pinho MD, Friães A, Aguiar SI, Ramirez M, Melo-Cristino J, Portuguese Group for the Study of Streptococcal Infections, Portuguese Study Group of Invasive Pneumococcal Disease of the Pediatric Infectious Disease Society. 2018. Pediatric complicated pneumonia caused by Streptococcus pneumoniae serotype 3 in 13-valent pneumococcal conjugate vaccinees, Portugal, 2010-2015. Emerging Infect Dis 24: 1307–1314.
  • Silva M, Machado MP, Silva DN, Rossi M, Moran-Gilad J, Santos S, Ramirez M, Carriço JA. 2018. chewBBACA: A complete suite for gene-by-gene schema creation and strain identification. Microb Genom. 4. doi: 10.1099/mgen.0.000166.
  • Lopes E, Fernandes T, Machado MP, Carriço JA, Melo-Cristino J, Ramirez M, Martins ER, The Portuguese Group For The Study Of Streptococcal Infections. Increasing macrolide resistance among Streptococcus agalactiae causing invasive disease in non-pregnant adults was driven by a single capsular-transformed lineage, Portugal, 2009 to 2015. Euro Surveill. 2018;23.
  • Carriço JA, Rossi M, Moran-Gilad J, Van Domselaar G, Ramirez M. 2018. A Primer on Microbial Bioinformatics for non-bioinformaticians. Clin Microbiol Infect. 24:342–349.
  • Hänscheid T, Grobusch MP. 2017. Modern hematology analyzers are very useful for diagnosis of malaria and, crucially, may help avoid misdiagnosis. J Clin Microbiol 55:3303–3304.
  • Martins ER, Pedroso-Roussado C, Melo-Cristino J, Ramirez M, Portuguese Group for the Study of Streptococcal Infections. 2017. Streptococcus agalactiae causing neonatal infections in Portugal (2005-2015): diversification and emergence of a CC17/PI-2b multidrug resistant sublineage. Front Microbiol 8:499.
group leader :
Mário Ramirez