Laboratório Translacional Microbioma na Saúde e na Doença

O Laboratório Translacional de Microbioma na Saúde e Doença é constituído por uma equipa interdisciplinar, dinâmica e altamente colaborativa de microbiologistas clínicos, biólogos computacionais, nutricionistas, imunologistas e gastroenterologistas.

O nosso laboratório dedica-se a explorar o potencial do microbioma para revolucionar a área terapêutica do cancro colorretal (CRC). A nossa missão é desenvolver ferramentas inovadoras de diagnóstico e bioterapêuticas baseadas no microbioma para intercetar, prevenir e tratar o CRC.

A nossa investigação centra-se em três áreas principais:

Descoberta de Biomarcadores: Queremos identificar e validar novos biomarcadores do microbioma intestinal para avaliação de risco e diagnóstico precoce de CRC através da sequenciação detalhada do microbioma e do desenvolvimento de tecnologia de machine learning. Ao analisar o microbioma intestinal em indivíduos em diferentes estadios de CRC, pretendemos aperfeiçoar os métodos de rastreio e permitir a intervenção precoce.

Interações hospedeiro-microbioma: Estudamos o papel dos metabolitos microbianos na modulação da resposta imunitária no CRC. Através de cultorómica e metabolómica, pretendemos descobrir os metabolitos microbianos específicos ligados diferentes respostas imunes ao CRC.

Terapêutica: Outro foco importante do nosso laboratório é o desenvolvimento de consórcios de microbioma compostos por bactérias imunoestimulantes. Através da exploração do poder desses micróbios benéficos, pretendemos modular o sistema imunológico do hospedeiro de maneira favorável, mitigando potencialmente o risco de desenvolvimento de CRC ou auxiliando nas estratégias de tratamento. O nosso objetivo é desenvolver novos probióticos ou terapias baseadas em micróbios que podem ser adaptadas para indivíduos ou subgrupos específicos em risco.

Através de uma abordagem ambiciosa e multidisciplinar que combina técnicas de ponta em genómica, metabolómica e imunologia, o nosso laboratório quer contribuir para desvendar a complexa interação entre o microbioma e o CRC. Ao elucidar os mecanismos subjacentes, pretendemos traduzir as nossas descobertas em aplicações clínicas tangíveis que terão um impacto significativo na prevenção, diagnóstico e tratamento deste cancro.

Equipa

Áreas

• Identificação de novos biomarcadores do microbioma intestinal para avaliação de risco e diagnóstico precoce de cancro colorretal
• Descoberta de novos metabolitos microbianos associados a diferentes respostas imunes do hospedeiro no cancro colorretal
• Desenvolvimento de terapias baseadas em microbioma para o tratamento do cancro colorretal

Projetos em Curso

2023-2029 Improving Colorectal Cancer Early Screening in Portugal: Identification and Validation of Gut Microbiome and Methylation Biomarkers. Agência Financiadora: Comissão Europeia

2023-2028 MISSION – The power of Microbiota to modulate the Immune reSponSe In cOlorectal caNcer. Agência Financiadora: Estímulo ao Emprego Científico da Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

Prémios

2023-2028 Estímulo ao Emprego Científico da Fundação para a Ciência e a Tecnologia – Investigador Auxiliar

2021 Prémio Trainee da Associação Americana de Imunologistas (American Association of Immunologists - AAI)

2021 Prémio Justiça, Igualdade, Diversidade e Inclusão da Fundação Life Ciences Editors

2021 Prémio de investigação do Ministério do Ensino Superior da República da Irlanda

2020 Prémio Erasmus+

2017 Prémio de investigação da Associação de Investigadores e Estudantes Portugueses no Reino Unido (PARSUK) Xperience 2017, Fundação Calouste Gulbenkian

2017 Bolsa Pós-doutoral, H2020 Marie Sklodowska-Curie Actions Individual Fellowship

Publicações Selecionadas

Tosti E, Almeida AS, Tran TT, Silba MB, Broin PO, Dubin R, Chen K, Beck A, McLellan A, Vilar-Sanchez E, Golden A, O’Toole PW, Edelmann W (2022). Loss of MMR and TgfβII increases the susceptibility to microbiota-dependent inflammation-associated cancer. Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology 14:693–717, doi:10.1016/j.jcmgh.2022.05.010

Bird BH, Nally K, Ronan K, Clarke G, Amu S, Almeida AS, Flavin R, Finn S (2022). Cancer Immunotherapy with Immune Checkpoint Inhibitors-Biomarkers of Response and Toxicity; Current Limitations and Future Promise. Diagnostics 12:124. doi:10.3390/diagnostics12010124

Almeida AS, Tran TT, Ghosh TS, Ribière C, Foley C, Azevedo LA, Pellanda P, Frei W, Hueston CM, Kumar R, Flemer B, Sequeira I, O’Riordain M, Shanahan F, O’Toole PW (2021). Fiber-associated Lachnospiraceae reduce colon tumorigenesis by modulation of the tumour-immune microenvironment. bioRxiv doi:10.1101/2021.02.24.432654

Almeida AS, Fein MR, Egeblad M (2021). Multi-color flow cytometry for comprehensive analysis of the tumor immune infiltrate in a murine model of breast cancer. Bio-protocol vol. 11, doi: 10.21769/bioprotoc.4012

Sun L, Almeida AS*, Kees T*, Liu B, He XY, Ng D, Spector D, McNeish IA, Gimotty P, Adams S, Egeblad M (2021). Activation of a collaborative innate-adaptive immune response suppresses metastatic breast and ovarian cancer in mice. Cancer Cell 39, 1361-1374.e9

Fein MR*, He XY*, Almeida AS, Bruzas E, Pommier A, Eberhadt A, Fearon DT, Wilkinson JE, dos Santos CO, Egeblad M (2020). Cancer cell CCR2 orchestrates suppression of the adaptive immune response. Journal of Experimental Medicine 217 (10) e20181551

Öhlund D*, Handly-Santana A*, Biffi G*, Elyada E*, Almeida AS, Ponz-Sarvise M, Corbo V, Oni TE, Hearn SA, Jung Lee E, Chio C, Hwang C-I, Tiriac H, Baker LA, Engle DD, Feig C, Kultti A, Egeblad M, Fearon DT, Crawford JM, Park Y, Tuveson DA (2017). Distinct populations of inflammatory fibroblasts and myofibroblasts in pancreatic cancer. Journal of Experimental Medicine

Perurena N, Zandueta C, Martínez-Canarias S, Moreno H, Vicent S, Almeida AS, Guruceaga E, Gomis RR, Santisteban M, Egeblad M, Hermida J, Lecanda F (2017). EPCR promotes breast cancer progression by altering SPOCK1-mediated 3D growth. Journal of Hematology & Oncology 10:23

Park J*, Wysocki RW*, Amoozgar Z*, Maiorino L*, Fein M, Jorns J, Schott AF, Kinugasa-Katayama Y, Lee Y, Won NH, Nakasone ES, Hearn SA, Kuettner V, Qiu J, Almeida AS, Perurena N, Kessenbrock K, Goldberg M, Egeblad M (2016). Cancer cells induce metastasis-supporting neutrophil extracellular DNA traps. Science Translational Medicine 8, 361ra138

Fevre C*, Almeida AS*, Taront S, Pedron T, Huerre M, Prevost MC, Kieusseian A, Cumano A, Brisse S, Sansonetti PJ, Tournebize R (2013). A novel murine model of rhinoscleroma identifies Mikulicz cells, the disease signature, as IL-10 dependent derivatives of inflammatory monocytes. EMBO Molecular Medicine 5(4): 516-530

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