Apesar do sucesso dos antibióticos e da vacinação, as infecções bacterianas ainda são uma das principais causas de morbidade e mortalidade em todo o mundo. As alterações demográficas estão a focar a atenção nos adultos mais velhos, onde as pressões selectivas podem ser radicalmente diferentes das encontradas em crianças. Vários estudos mostraram que as populações bacterianas são dominadas por apenas alguns clones. A plasticidade dos genomas bacterianos significa que diferentes estirpes podem conter um conjunto distinto de genes que conferem resistência aos antibióticos e de virulência. No entanto, a relação entre ter um determinado complemento genético e o facto de esta estirpe se tornar um clone bem sucedido permanece em aberto. O nosso laboratório documentou a estrutura da população bacteriana de vários agentes patogénicos do género Streptococcus tendo encontrado diferenças entre as bactérias que colonizam assintomaticamente e as que causam infecções distintas ou nos vários grupos etários. Além disso, identificaram-se genes que estão distribuídos de forma desigual na população bacteriana, potencialmente explicando a propensão de certos clones para hospedeiros ou infecções particulares. Também se estuda o fluxo de informações genéticas entre bactérias e os factores que melhoram ou limitam essas trocas e o papel que os elementos genéticos móveis têm na diversidade bacteriana. Actualmente, explora-se as diferenças entre as populações bacterianas no nível do genoma. Desenvolvemos novas abordagens para lidar com dados de sequência de alto débito (“high throughput sequencing” - HTS) criando ferramentas para armazenar e extrair esses dados numa plataforma unificada, integrando informações de bases de dados existentes. Esta actividade reflecte-se no desenvolvimento de novas ferramentas bioinformáticas particularmente dirigidas a dados de HTS. Esperamos obter uma visão detalhada das diferenças genéticas entre clones bacterianos e identificar genes candidatos para explicar a diferente abundância destes clones. Estudam-se espécies de estreptococos que causam infecções em seres humanos e animais para identificar eventos-chave que permitam a adaptação a diferentes espécies hospedeiras e para avaliar o potencial de aquisição zoonótica. Compreender a dinâmica e as respostas de uma população bacteriana às múltiplas pressões selectivas que lhe são impostas e os principais eventos genéticos que permitem a diferenciação de clones específicos, permitirão prever melhor a evolução das bactérias patogénicas para o Homem. Procuramos também obter informação epidemiológica que nos permita antecipar os benefícios potenciais da vacinação ou orientar a terapia empírica para infecções de possível etiologia estreptocócica.