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Ramirez, Mário
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Microbiologia Molecular e Infeção

Apesar do sucesso dos antibióticos e da vacinação, as infecções bacterianas ainda são uma das principais causas de morbidade e mortalidade em todo o mundo. As alterações demográficas estão a focar a atenção nos adultos mais velhos, onde as pressões selectivas podem ser radicalmente diferentes das encontradas em crianças. Vários estudos mostraram que as populações bacterianas são dominadas por apenas alguns clones. A plasticidade dos genomas bacterianos significa que diferentes estirpes podem conter um conjunto distinto de genes que conferem resistência aos antibióticos e de virulência. No entanto, a relação entre ter um determinado complemento genético e o facto de esta estirpe se tornar um clone bem sucedido permanece em aberto. O nosso laboratório documentou a estrutura da população bacteriana de vários agentes patogénicos do género Streptococcus tendo encontrado diferenças entre as bactérias que colonizam assintomaticamente e as que causam infecções distintas ou nos vários grupos etários. Além disso, identificaram-se genes que estão distribuídos de forma desigual na população bacteriana, potencialmente explicando a propensão de certos clones para hospedeiros ou infecções particulares. Também se estuda o fluxo de informações genéticas entre bactérias e os factores que melhoram ou limitam essas trocas e o papel que os elementos genéticos móveis têm na diversidade bacteriana. Actualmente, explora-se as diferenças entre as populações bacterianas no nível do genoma. Desenvolvemos novas abordagens para lidar com dados de sequência de alto débito (“high throughput sequencing” - HTS) criando ferramentas para armazenar e extrair esses dados numa plataforma unificada, integrando informações de bases de dados existentes. Esta actividade reflecte-se no desenvolvimento de novas ferramentas bioinformáticas particularmente dirigidas a dados de HTS. Esperamos obter uma visão detalhada das diferenças genéticas entre clones bacterianos e identificar genes candidatos para explicar a diferente abundância destes clones. Estudam-se espécies de estreptococos que causam infecções em seres humanos e animais para identificar eventos-chave que permitam a adaptação a diferentes espécies hospedeiras e para avaliar o potencial de aquisição zoonótica. Compreender a dinâmica e as respostas de uma população bacteriana às múltiplas pressões selectivas que lhe são impostas e os principais eventos genéticos que permitem a diferenciação de clones específicos, permitirão prever melhor a evolução das bactérias patogénicas para o Homem. Procuramos também obter informação epidemiológica que nos permita antecipar os benefícios potenciais da vacinação ou orientar a terapia empírica para infecções de possível etiologia estreptocócica.

  • Áreas de Investigação

    • Epidemiologia e biologia populacional
    • Genómica de bacteriófagos
    • Mecanismos de resistência microbiana
    • Novas técnicas de diagnóstico
    • Bioinformática
  • Equipa de Investigação

    • Projectos de Investigação em Curso

      • 2009/2012 CAREPNEUMO – Combating antibiotic resistance pneumococci by novel strategies based on in vivo and in vitro host-pathogen interactions (FP7-HEALTH-2007-223111)
      • 2009/2012 Implications for therapy and disease presentation of the changes triggered by the use of the pneumococcal 7-valent conjugate vaccine (PIC/IC/83065/2007)
      • 2008/2011 Streptococcus pyogenes invasive disease and antimicrobial resistance - two faces of a changing pathogen (PTDC/SAU-ESA/72321/2006)
      • 2008/2011 Population and genomic consequences of vaccination against Streptococcus pneumoniae (PTDC/SAU-ESA/64888/2006)
      • 2008/2011 A computational biology approach using Streptococcus pneumoniae as a model towards an integrative view of bacteria/host interactions and evolution (PTDC/SAU-ESA/71499/2006)
      • 2007/2010 Caracterização microbiológica e molecular de Streptococcus spp. patogénicos e sua importância na profilaxia e terapêutica das infecções humanas em Portugal. Fundação Calouste Gulbenkian.
      • 2006/2009 Population based identification of pneumococcal virulence and colonization factors. National Institutes of Health – National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAD). Pathogen Functional Genomics Resource Center (PFGRC) Program.
    • Prémios

    • Publicações Seleccionadas

      • Jamet A, Touchon M, Ribeiro-Gonçalves B, Carriço JA, Charbit A, Nassif X, Ramirez M, Rocha EPC. 2017. A widespread family of polymorphic toxins encoded by temperate phages. BMC Biol 15:75
      • Martins ER, Pedroso-Roussado C, Melo-Cristino J, Ramirez M, Portuguese Group for the Study of Streptococcal Infections. 2017. Streptococcus agalactiae causing neonatal infections in Portugal (2005-2015): diversification and emergence of a CC17/PI-2b multidrug resistant sublineage. Front Microbiol 8:499.
      • Visser BJ, de Vries SG, Vingerling R, Gritter M, Kroon D, Aguilar LC, Kraan RBJ, Wieten RW, Danion F, Sjouke B, Adegnika AA, Agnandji ST, Kremsner PG, Hänscheid T, Mens PF, van Vugt M, Grobusch MP. 2017. Serum lipids and lipoproteins during uncomplicated malaria: A cohort study in Lambaréné, Gabon. Am J Trop Med Hyg 96:1205–1214
      • Horácio AN, Silva-Costa C, Lopes JP, Ramirez M, Melo-Cristino J, Portuguese Group for the Study of Streptococcal Infections. 2016. Serotype 3 remains the leading cause of invasive pneumococcal disease in adults in Portugal (2012-2014) despite continued reductions in other 13-valent conjugate vaccine serotypes. Front Microbiol 7:1616
      • Ribeiro-Gonçalves B, Francisco AP, Vaz C, Ramirez M, Carriço JA. 2016. PHYLOViZ Online: web-based tool for visualization, phylogenetic inference, analysis and sharing of minimum spanning trees. Nucleic Acids Res. 44:W246-251
      • Barato P, Martins ER, Vasquez GM, Ramirez M, Melo-Cristino J, Martínez N, Iregui C. 2016. Capsule impairs efficient adherence of Streptococcus agalactiae to intestinal epithelium in tilapias Oreochromis sp. Microb Pathog. 100:30–36.
      • Pinho MD, Erol E, Ribeiro-Gonçalves B, Mendes CI, Carriço JA, Matos SC, Preziuso S, Luebke-Becker A, Wieler LH, Melo-Cristino J, Ramirez M. 2016. Beta-hemolytic Streptococcus dysgalactiae strains isolated from horses are a genetically distinct population within the Streptococcus dysgalactiae taxon. Sci Rep 6:31736
      • Rebelo M, Grenho R, Orban A, Hänscheid T. 2016. Transdermal diagnosis of malaria using vapor nanobubbles. Emerging Infect Dis 22:343–344
      • Friães A, Machado MP, Pato C, Carriço JA, Melo-Cristino J, Ramirez M. 2015. Emergence of the same successful clade among distinct populations of emm89 Streptococcus pyogenes in multiple geographic regions. MBio 6. pii: e01780-15.
      • Silva-Costa C, Ramirez M, Melo-Cristino J, Portuguese Group for the Study of Streptococcal Infections. 2015. Declining macrolide resistance in Streptococcus pyogenes in Portugal (2007-13) was accompanied by continuous clonal changes. J Antimicrob Chemother. 70:2729–2733.
      • Aguiar, S.I., M. Brito, Horácio, A. N., J. Lopes, M. Ramirez, J. Melo-Cristino, and Portuguese Group for the Study of Streptococcal Infections and the Portuguese Study Group of Invasive Pneumococcal Disease of the Paediatric Infectious Disease Society. 2014. Decreasing incidence and changes in serotype distribution of invasive pneumococcal disease in persons aged under 18 years since introduction of 10-valent and 13-valent conjugate vaccines in Portugal, July 2008 to June 2012. Euro Surveill. 19:pii: 20750.
      • Silva-Costa, C. , J. A. Carriço, M. Ramirez, and J. Melo-Cristino. 2014. Scarlet fever is caused by a limited number of Streptococcus pyogenes lineages and is associated with the exotoxin genes ssa, speA and speC. Pediatr Infect Dis J. 33(3):306-10.
      • Melo-Cristino J., C. Resina, V. Manuel, L. Lito, M. Ramirez. 2013. First case of infection with vancomycin-resistant Staphylococcus aureus in Europe. The Lancet. 382:205
      • Rebelo, M., C. Sousa, H. M. Shapiro, M. M. Mota, M. P. Grobusch, and T. Hänscheid. 2013. A novel flow cytometric hemozoin detection assay for real-time sensitivity testing of Plasmodium falciparum. PLoS ONE 8:e61606.
      • Carriço J. A., Sabat A., Friederich A., Ramirez M., on behalf of the ESCMID Study Group for Epidemiological Markers (ESGEM). 2013. Bioinformatics in bacterial molecular epidemiology and public health: databases, tools and the next-generation sequencing revolution. Euro Surveill. 2013. 18:pii=20382.

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