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Morais, Nuno
Lab

Biologia Computacional

Estamos interessados nos mecanismos transcricionais, frequentemente perturbados em doença, associados à especificidade funcional das células em mamíferos. Em particular, estudamos os mecanismos responsáveis pela associação entre anomalias de splicing e patologias como o cancro ou doenças neurodegenerativas. Utilizamos abordagens de biologia computacional na análise de dados de sequenciação de próxima geração para a definição de assinaturas transcriptómicas específicas de doença, procurando perceber como a regulação de splicing alternativo está afectada em diferentes patologias e assim identificar alvos moleculares para exploração funcional in vitro e in vivo. Também combinamos informação molecular e clínica na revelação de novos factores prognósticos e alvos terapêuticos.

  • Áreas de Investigação

    • Cancro
    • Doenças neuro-degenerativas
    • Evolução e regulação de splicing alternativo
    • Transcriptómica
    • Bioinformática
  • Equipa de Investigação

    • Projectos de Investigação em Curso

      Em curso:

      • 2015/2017(9) - "Transcriptomic landscapes of cancer: studying the transcriptional etiology of metastization and its implications on personalized therapeutics", Bolsa de Instalação da EMBO
      • 2015/2019 - "RNA regulation in cancer: defining the transcriptional etiology of metastasis and its implications on personalized therapeutics", Bolsa de Iniciação Investigador FCT
      • 2016 - "RNA regulation in colorectal cancer: transcriptomic landscapes of metastasis and their clinical implications", Projecto Exploratório, Fundo dos Directores do iMM

      Prévios:

      • 2011/2014 - "Survey of tissue-specific alternative splicing in vertebrates by high-throughput sequencing: finding the elements of an evolutionary splicing predictor", Bolsa Marie Curie International Outgoing
    • Prémios

      • Prémio de Instalação da EMBO (Organização Europeia de Biologia Molecular) (2015-)
      • Investigador FCT (2015-)
      • Marie Curie International Outgoing Fellowship (2011-2014)
      • Bolsa de pós-doutoramento dos Canadian Institutes for Health Research (CIHR) (2010-2012)
    • Publicações Seleccionadas

      • Liu Y, Noon AP, Cabeza EA, Shen J, Kuk C, Ilczynski C, Ni R, Sukhu B, Chan K, Barbosa-Morais NL, Hermanns T, Blencowe BJ, Azad A, van der Kwast TH, Catto JWF, Zlotta AR, Wrana JL. "Next generation RNA sequencing of archival formalin fixed paraffin embedded urothelial bladder cancer". European Urology, 2014 Dec;66(6):982-6.
      • Braunschweig U, Barbosa-Morais NL, Pan Q, Nachman EN, Alipahani B, Gonatopoulos-Pournatzis T, Frey B, Irimia M, Blencowe BJ. "Widespread intron retention in mammals functionally tunes transcriptomes". Genome Res, 2014 Nov;24(11):1774-86.
      • Pena AC, Pimentel MR, Manso H, Vaz-Drago R, Neves D, Aresta-Branco F, Ferreira FR, Guegan F, Coelho LP, Carmo-Fonseca M, Barbosa-Morais NL, Figueiredo LM. "Trypanosoma brucei histone H1 inhibits RNA polymerase I transcription and is important for parasite fitness in vivo". Mol Microbiol, 2014 Aug;93(4):645-63.
      • Han H, Irimia M, Ross PJ, Sung HK, Alipanahi B, David L, Golipour A, Gabut M, Michael IP, Nachman EN, Wang E, Trcka D, Thompson T, O'Hanlon D, Slobodeniuc V, Barbosa-Morais NL, Burge CB, Moffat J, Frey BJ, Nagy A, Ellis J, Wrana JL, Blencowe BJ. "MBNL proteins repress ES-cell-specific alternative splicing and reprogramming". Nature, 2013 Jun 13;498(7453):241-5.
      • Ward MC, Wilson MD, Barbosa-Morais NL, Schmidt D, Stark R, Pan Q, Schwalie PC, Menon S, Lukk M, Watt S, Thybert D, Kutter C, Kirschner K, Flicek P, Blencowe BJ, Odom DT. "Latent Regulatory Potential of Human-Specific Repetitive Elements". Mol Cell, 2013 Jan 24;49(2):262-72.
      • Barbosa-Morais NL, Irimia M, Pan Q, Xiong HY, Gueroussov S, Lee LJ, Slobodeniuc V, Kutter C, Watt S, Colak R, Kim T, Misquitta-Ali CM, Wilson MD, Kim PM, Odom DT, Frey BJ, Blencowe BJ. "The evolutionary landscape of alternative splicing in vertebrate species". Science, 2012 Dec 21;338(6114):1587-93.
      • Barbosa-Morais NL+, Dunning MJ, Samarajiwa SA, Darot JFJ, Ritchie ME, Lynch AG, Tavaré S. "A re-annotation pipeline for Illumina BeadArrays: improving the interpretation of gene expression data". Nucleic Acids Research, 2010 Jan 1;38(3):e17. (+ corresponding author)
      • Wilson MD*, Barbosa-Morais NL*, Schmidt D, Conboy CM, Vanes L, Tybulewicz VLJ, Fisher EMC, Tavaré S, Odom DT. "Species-specific transcription in mice carrying human chromosome 21". Science, 2008 Oct 17;322(5900):434-8. (* equal contributions)
      • Palmer RD, Barbosa-Morais NL, Gooding EL, Muralidhar B, Thornton CM, Pett MR, Roberts I, Schneider DT, Thorne N, Tavaré S, Nicholson JC, Coleman N; On behalf of The Childrens Cancer and Leukaemia Group (CCLG). "Pediatric malignant germ cell tumours show characteristic transcriptome profiles". Cancer Research, 2008 Jun 1;68(11):4239-47.
      • Barbosa-Morais NL, Carmo-Fonseca M, Aparicio S. "Systematic genome-wide annotation of spliceosomal proteins reveals differential gene family expansion", Genome Res, 2006 Jan, 16(1):66-77.

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